To jedno z najstarszych zachowanych prezbiteriów w Małopolsce. Ze względu na wyraźne cechy romańskie ocenia się, że mogło ono powstać nawet pod koniec XI w., ale jedna z najbardziej prawdopodobnych wersji głosi, że wzniesiono je między 1150 a 1190 rokiem z fundacji Kazimierza II, zwanego później Sprawiedliwym. Oczywiście jest to wyłącznie supozycja, wysunięta na podstawie jedynej pewnej wskazówki chronologicznej, zapisanej w tzw. Roczniku kapituły krakowskiej, która na rok 1177, datuje objęcie tronu krakowskiego przez Kazimierza II, zresztą w wyniku udanego zamachu stanu. Według relacji mistrza Wincentego Kadłubka, do odzyskania przez Kazimierza II krakowskiego tronu, przyczynić się miała pomoc ruskich książąt. Niemniej w okresie poprzedzającym wyprawy Kazimierza na Ruś Halicką, w celu zabezpieczenia pogranicza karpackiego, a konkretnie traktu doliną Raby od południa, mógł się pojawić na wysokiej nadrzecznej skarpie nasz kościół dziekanowicki z murowanym prezbiterium, jako trabant dla najpierw grodu, a następnie dobczyckiego zamku. Natomiast pierwsza znana źródłowa wzmianka o parafii w Dziekanowicach pochodzi dopiero z 1226 r. Owa najstarsza część o wymiarach 2,5 na 2,5 metra wykonana została z tych samych, miejscowych ciosów piaskowca istebniańskiego co dobczycki zamek. Sklepienie wsparte jest na oryginalnych romańskich wspornikach. Po ostatniej konserwacji kamieniarskie znaki, zwane gmerkami, zachowały się tylko częściowo. W 1957 r. prowadzono badania wnętrza kościoła, które doprowadziły do odkrycia fragmentów polichromii o cechach charakterystycznych dla XII w. Przedstawiały one sceny z Nowego Testamentu: Zwiastowanie, Narodzenie, hołd tzw. Trzech Króli, jak również postacie św. archaniołów: Michała i Gabriela.